A Universidade Federal da Bahia adota, desde 2008, o ENEM como único modo de seleção para estudantes que queiram cursar os Bacharelados Interdisciplinares (BI) e Cursos Superiores de Tecnologia (CST) oferecidos pela instituição. Em 2010 foram oferecidas 1.555 vagas para essas modalidades de cursos, todas nos campi de Salvador. Para poderem se candidatar, os interessados devem se inscrever no ENEM até o próximo dia 10 de junho e confirmar a sua inscrição na UFBA quando forem abertas as inscrições para o processo seletivo 2012.
Os Bacharelados Interdisciplinares são uma nova modalidade de curso de graduação, com um mínimo de 2.400 horas de aula ou seis semestres letivos, destinados à formação geral humanística, científica e artística, com currículos flexíveis e articulados, possibilitando também o aprofundamento num dado campo do conhecimento. Esses campos de conhecimento estão agrupados em quatro grandes áreas, que são as de Saúde, Ciência e Tecnologia, Humanidades e Artes. O BI tem caráter terminal, podendo o Bacharel exercer funções de nível superior no mercado de trabalho. Se preferir, porém, poderá prosseguir seus estudos superiores em outros cursos de Bacharelado, Licenciatura ou Formação Profissional. O ingresso nesses outros cursos poderá ser automático ou depender de processo seletivo próprio, pois, a partir de 2012, 20% das vagas de ingresso na UFBA estão reservadas para esses Bacharéis. O diplomado no BI poderá ainda seguir carreira acadêmica, candidatando-se a pós-graduação “strictu-sensu” (mestrado).
De acordo com o projeto, a estrutura modular dos Bacharelados Interdisciplinares dá garantia de mobilidade intra e inter-institucional, o que significa proporcionar ao aluno não só mudar sua opção inicial de curso dentro do próprio IHAC, como continuar sua formação em cursos de carreira profissional da UFBA, já que os B.I.s contemplam integralmente os requisitos de formação superior plena; o diploma de um deles permite acesso direto ao nível mestrado, ainda que condicionado à aprovação em processo seletivo próprio do programa de pós-graduação, em igual situação exigida ao egresso da graduação convencional.
Os Cursos Superiores de Tecnologia destinam-se a formar profissionais para atender aos diversos setores da economia, abrangendo áreas especializadas, em consonância com a legislação federal específica. O candidato que optar por esse curso, se selecionado, terá acesso diretamente a ele e fará um único percurso curricular previamente traçado até a obtenção do diploma, num tempo médio de três anos letivos. A UFBA oferece nessa modalidade os cursos de Gestão Pública e Gestão Social e Transporte Terrestre: Gestão do Transporte e Trânsito.
O Conselho Acadêmico de Ensino da Universidade iniciou processo de discussão sobre a possibilidade de adoção do ENEM como processo seletivo também para os Cursos de Progressão Linear (cursos tradicionais), a partir de 2013.